Энтеросгель синтезирован в СССР конце 70-х годов ХХ века в Институте физической химии имени Л.В. Писаржевского, где с 1960 года разрабатывались теоретические основы формирования пористой структуры кремнийорганических адсорбентов с регулируемой пористой структурой и заданной химической природой поверхности и проводились работы по синтезу кремнийорганических адсорбентов — пористых полимеров полиорганосилоксанов.
Работа по созданию препарата проводилась совместно с Медицинской службой Краснознаменного Киевского военного округа. Фармкомитет СССР Протоколом №13 от 11.10.1989 г. разрешил медицинское применение лекарственного препарата Энтеросгель, а с 1994 г. Энтеросгель зарегистрирован в качестве лекарственного средства в Российской Федерации.